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とある事情で、港区の人工島ポートアイランドにある、月光館学園高等部へ編入することになった主人公の少年。

彼が学生寮に入居した数日後、謎の怪物の襲撃を受ける。

その襲撃で図らずも「ペルソナ」と呼ばれる心の力に目覚めた少年は、同じくぺルソナ能力者が集う組織、特別課外活動部（S.E.E.S.）に加入することになり、

仲間たちと共に世界の謎に立ち向かうこととなる……。

現在大人気のペルソナシリーズのターニングポイントにもなったタイトル「ペルソナ３」が、現在のP-STUDIOの手で装いを新たに現行最新ハードにて生まれ変わります。